Το Γενικό Φιλόπτωχο Ταμείο με την επωνυμία «Η ΑΓΙΑ ΕΙΡΗΝΗ» αποτελεί το κεντρικό Διοικητικό Όργανο των Ε.Φ.Τ. και είναι ίδρυμα, το οποίο συστήθηκε με Νομοθετικό Διάταγμα το έτος 1968.
Ο Κανονισμός του Γενικού Φιλοπτώχου Ταμείου της καθ’ ημάς Ιεράς Μητροπόλεως (Φ.Ε.Κ. 29/τ. Α΄/12.02.1968) τροποποιήθηκε και κωδικοποιήθηκε το έτος 2013 (Φ.Ε.Κ. 3224/τ. Β΄/18-12-2013).

Το Γενικό Φιλόπτωχο Ταμείο διοικείται υπό 10μελούς Διοικητικού Συμβουλίου, αποτελουμένου εκ του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου, ως Προέδρου, του εκάστοτε Γενικού Αρχιερατικού Επιτρόπου, ως Αντιπροέδρου και 8 μελών, εξ ων τέσσερα κληρικά καί τέσσερα λαϊκά, εκλεγομένων υπό του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου.

Το Γ.Φ.Τ. είναι ο κεντρικός άξονας και ο ρυθμιστής-διαχειριστής όλων των Ενοριακών Φιλοπτώχων Ταμείων και  έχει σαν κύριο σκοπό την ενίσχυση απόρων οικογενειαρχών, φοιτητών και γενικότερα ατόμων, τα οποία αποδεδειγμένα χρήζουν τέτοιας βοηθείας. Το Γ.Φ.Τ. προσφέρει ένα αξιόλογο φιλανθρωπικό έργο, το οποίο εμπνέεται από το πνεύμα της αγάπης και της αλληλεγγύης προς τον πλησίον, πάσχοντα αδελφό. Στις μεγάλες Εκκλησιαστικές εορτές όπως τα Χριστούγεννα και το Πάσχα η συνδρομή του Γ.Φ.Τ. γίνεται πιο αισθητή μέσω της πραγματοποιήσεως του Εράνου Αγάπης και άλλων συναφών δραστηριοτήτων και επιπλέον συμπαρίσταται σε απόρους μαθητές, φοιτητές και υποψηφίους κληρικούς, καθώς και σε συλλόγους μαθητών .

Σύμφωνα με τον κανονισμό λειτουργίας του Γ.Φ.Τ. τα Ε.Φ.Τ. επιμελούνται  την σύνταξη ετησίου Προϋπολογισμού & Απολογισμού και τους υποβάλλουν στο Γ.Φ.Τ.

Επιπρόσθετα πραγματοποιούνται κατά τόπους ετήσιες συνάξεις των στελεχών του Φιλανθρωπικού Έργου σύμφωνα με τον νέο Κανονισμό του Γ.Φ.Τ. στις οποίες παρουσιάζεται το πολυσήμαντο έργο των ιδρυμάτων της καθ’ ημάς Μητροπόλεως:

Κατασκήνωση Αιγίνης:  φιιλοξενούνται περί τους 600 νέους και νέες από ηλικίας 10-18 ετών και διακονούν περί τα 150 στελέχη, όλοι επιστήμονες και φοιτηταί.
Πνευματικά κέντρα: Ύδρας, Σπετσών, Αιγίνης, Πόρου, Κρανιδίου και Ερμιόνης.  Όλα λειτουργούν υπό την ευθύνη των Ιερέων Νεότητος και των Ιεροκηρύκων και απασχολούν εκατοντάδες παιδιά σχολικής & προσχολικής ηλικίας, δημιουργικά και ευχάριστα.
Τράπεζα Αγάπης Σπετσών & Λεούσειον Ίδρυμα στην Αίγινα: ευρίσκουν στέγη, τροφή και περίθαλψη άτομα μοναχικά και άπορα. Προσφέρονται ημερησίως περί τις 100 μερίδες φαγητού. Πολλές δε ενορίες παραθέτουν τις άγιες ημέρες Τράπεζα Αγάπης για ηλικιωμένα άτομα και οικονομικούς μετανάστες.
Ταμείον Πολυτέκνων ενδιαφέρεται γιά τις πολύτεκνες οικογένειες και επιδοτείται κάθε τρίτο παιδί με εφ’ άπαξ βοήθημα 450€, κατόπιν αιτήσεως των γονέων.  Κατ’ έτος επιχορηγούνται περί τις 10  οικογένειες, οι οποίες απέκτησαν τρίτον τέκνον.
Εκκλησιαστικά Νοσοκομεία Ύδρας & Αιγίνης.

Σπουδαίο και λίαν σημαντικό έργο προσφέρουν τα δύο Νοσοκομεία Ύδρας και Αιγίνης, μοναδικά στον ελληνικό χώρο υπό την εποπτεία και ευθύνη της Εκκλησίας. Αποτελούν την Ναυαρχίδα του προνοιακού έργου της Ι. Μητροπόλεως.

Στην Ύδρα στο Νοσοκομείο Αθανασίου και Βέρας Κουλούρα: «ΠΑΝΑΓΙΑ Η ΦΑΝΕΡΩΜΕΝΗ» λειτουργούν τα εξής τμήματα: Ακτινοδιαγνωστικό, Υπερήχων, Μικροβιολογικό, Παθολογικό, Καρδιολογικό, Μαιευτικό, Χειρουργικό, Εξωτ. Ιατρεία άριστα εξοπλισμένα με ιατρικά μηχανήματα.

Στην Αίγινα στο Νοσοκομείο: «Ο ΑΓΙΟΣ ΔΙΟΝΥΣΙΟΣ» λειτουργούν το παθολογικό τμήμα με δύναμη 28 κλινών, το  ακτινοδιαγνωστικό τμήμα με τα τελειότερα και σύγχρονα μηχανήματα. (Υπέρηχοι σώματος, Τriplex Αγγείων, Μαστογραφίας, Μέτρηση οστικής πυκνότητος) και τα Εξωτερικά  Ιατρεία άριστα εξοπλισμένα με ιατρικά μηχανήματα. Ιδιαίτερη μέριμνα καταβάλλεται για την ευαισθητοποίηση στο θέμα της αιμοδοσίας. Ήδη στην Ενορία του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου Κοιλάδος, με ευθύνη του εφημερίου αυτής Αιδεσ. Πρωτ. Θεμιστοκλή Μπάζου,  πραγματοποιούνται κατ’ έτος 3 εθελοντικές αιμοληψίες που αποδίδουν 135 φιάλες αίμα.